如何分析墙内自媒体疯传的中科院关于新冠病毒起源的论文？
你一定在墙内社交媒体见过这几张图了
如何评价驳斥相关观点？可靠性如何？如何反驳？
论文归档搬运：
https://pdfhost.io/v/IUKMaBlP_Decoding_evolution_and_transmissions_of_novel_pneumonia_coronavirus_using_the_whole_genomic_datapdf.pdf
⚠警告⚠
已更新恶臭版洗地文安全归档，传送门请见下方问题评论区
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相关媒体“深度解析”（明白这件事的葱油直接下方发表您的见解即可，墙内太多恶臭洗地文搬运工拒绝转载，搬运的本文大体还可一读，但仍仅供参考⚠）：
中国科学家在寻找新冠肺炎的发源地上，取得了突破性进展。
来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员，联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员，在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表重要研究论文[1]。
通过遗传学分析方法，郁文彬等发现，华南海鲜市场的新冠病毒应该是从其他地方输入的。换句话说，华南海鲜市场不是新冠病毒的发源地。不过，华南海鲜市场应该是新冠肺炎的引爆点。
他们还认为，新冠病毒可能在11月中下旬就在武汉广泛传播了。还有个好消息是，与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。
那么中科院的科学家是如何破解谜团，得到上述结论的呢？
我们都知道，自从新冠肺炎在武汉爆发之后，科学家和医生纷纷猜测，华南海鲜市场就是新冠肺炎的源头。在2020年元旦，华南海鲜市场被关闭。
不过，武汉金银潭医院的黄朝林教授及其同事，1月24日在顶级学术期刊《柳叶刀》上披露的首批41名新型冠状病毒感染者的相关信息[2]，挑战了上述假设。
在这41名首批确诊患者中，有13名患者不曾去过武汉华南海鲜市场。
更重要的是，最早发病的那名患者，在2019年12月1号就发病了，他没有去过武汉华南海鲜市场。而且，在12月10日第二批发病的3名患者中，也有2人没有去过武汉华南海鲜市场。
这意味着，最早感染武汉新型冠状病毒的患者，可能是在其他某个不为人知的地方被感染的[3]。
然而，华南海鲜市场已然关闭，目前的患者临床表现也表明，有很多新冠病毒感染者没有任何症状，因此，想从流行病学的角度分析新冠肺炎的发源地，几乎是不可能完成的事情。
随着新冠病毒的基因组数据越来越多，从遗传进化的角度溯源就变得可能了。
遗传学家可以通过新冠病毒的基因组信息，摸清不同新冠病毒之间的进化或亲缘关系。搞清楚谁是爸爸，谁是爷爷，谁是孙子，然后就可以给新冠病毒绘制个家谱了。
有了新冠病毒的家谱，我们就可以找到新冠病毒的祖先，然后循着这条证据线，就有望找到新冠病毒的发源地。
郁文彬等首先收集了世界各地科学家共享到GISAID EpiFluTM数据库中的93个新型冠状病毒样本的基因组数据。
初步分析发现，这93个新冠病毒中有140个位点的变异，其中120个位于基因编码序列中。基于此，他们将这些新冠病毒分成58种单倍型（可以简单的理解为是58个不同的新冠病毒）。
结合其他数据之后，他们发现与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。换句话说就是：当前新冠病毒还比较稳定。这可能是因为，新冠病毒相对比较温和，免疫系统没有给它们施加太大的压力。
变异位点分析
接下来就是最重要的分析过程：分析这58个单倍型之间的进化关系，也就是绘制它们的家谱。
我这里就直接放图了，下面的图就是这58个新冠病毒的家谱。
新冠病毒不同单倍型的进化关系图谱
上面那种图乍一看很复杂。我们先看右边的那个树杈一样的东西。
你可以明显看到它是由三部分组成，最上面的A组呈浅绿色，是一只脚的形状；中间淡紫色的B组是长方形；下面的C组没有背景色，一圈小圆圈围着一个大圆圈；D组和E组分别从C组的左右伸出一角。
也就是说，这58个新冠病毒的单倍型（编号为H1-H58）被分成了A、B、C、D、E五个组。他们的关系是，A组最古老，可以说是新冠病毒的祖先了，越往后辈分越低。这是个大概的情况。
然后，我请大家注意A组中的H13，B组中的H38（粉红色）和H3（四色圆饼），还有C组中的H1（最大的那个多色圆饼）。你甚至可以忽略掉上述几个单倍型周围所有的小圆圈，把它们四个单独拎出来看。
为了便于大家结合文字看图，我再放一次这张关键的图
这样的话，你就很容易发现两条简化路线：H13→H3→H1，以及H38→H3→H1。我们可以简单地认为这两条线就是祖孙三代之间的关系。H13和H38最古老，H3居中，H1最年轻。研究人员也认为，通过系统发育网络，基本可以认为H13和H38是新冠病毒的祖先单倍型。
不过研究人员也不排除还存在其他古老的单倍型，因为最早的感染者和12月初那部分感染者的数据，不包括在本研究之内。
新冠病毒两条可能的进化路径图
接下来我要告诉你的是，来自武汉华南海鲜市场的新冠病毒都是H1及其后代（H1周围那一圈），没有H13和H38；甚至整个武汉的样本中只出现了一个H3，而且与华南海鲜市场没有关系。
那么更古老的、爷爷辈儿的H13和H38是从哪里的患者体内分离的呢？
H13出现在了5个深圳患者体内，他们也是广东首批确诊感染者。而H38则来自美国首例确诊患者。（搬运工注：很多墙内恶臭自媒体以此为论据称病毒起源美国，与下方的“五毒来源图”互相印证）他们的旅行记录表明，他们在2019年12月底至2020年1月初疫情爆发期间都到过武汉，但没有华南海鲜市场暴露史。
这说明，深圳那5名H13感染者和美国的H38感染者身上的病毒，有可能是通过武汉的医院或者其他不明渠道感染的。
新冠病毒不同单倍型的地理分布图
基于以上数据，郁文彬等认为，其他科学家的猜测应该没错，华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方输入的。
不过，研究人员还是非常期待能有早期感染者的样本可供分析，说不定可以从这些患者体内找到H13和H38的踪迹，这对于寻找新冠病毒的发源地非常重要。
希望武汉哪家医院里还保存着某个不为人知的早期患者的样本。
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如何
论文归档搬运：
https://pdfhost.io/v/IUKMaBlP_Decoding_evolution_and_transmissions_of_novel_pneumonia_coronavirus_using_the_whole_genomic_datapdf.pdf
⚠警告⚠
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相关媒体“深度解析”（明白这件事的葱油直接下方发表您的见解即可，墙内太多恶臭洗地文搬运工拒绝转载，搬运的本文大体还可一读，但仍仅供参考⚠）：
中国科学家在寻找新冠肺炎的发源地上，取得了突破性进展。
来自中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员，联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员，在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表重要研究论文[1]。
通过遗传学分析方法，郁文彬等发现，华南海鲜市场的新冠病毒应该是从其他地方输入的。换句话说，华南海鲜市场不是新冠病毒的发源地。不过，华南海鲜市场应该是新冠肺炎的引爆点。
他们还认为，新冠病毒可能在11月中下旬就在武汉广泛传播了。还有个好消息是，与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。
那么中科院的科学家是如何破解谜团，得到上述结论的呢？
我们都知道，自从新冠肺炎在武汉爆发之后，科学家和医生纷纷猜测，华南海鲜市场就是新冠肺炎的源头。在2020年元旦，华南海鲜市场被关闭。
不过，武汉金银潭医院的黄朝林教授及其同事，1月24日在顶级学术期刊《柳叶刀》上披露的首批41名新型冠状病毒感染者的相关信息[2]，挑战了上述假设。
在这41名首批确诊患者中，有13名患者不曾去过武汉华南海鲜市场。
更重要的是，最早发病的那名患者，在2019年12月1号就发病了，他没有去过武汉华南海鲜市场。而且，在12月10日第二批发病的3名患者中，也有2人没有去过武汉华南海鲜市场。
这意味着，最早感染武汉新型冠状病毒的患者，可能是在其他某个不为人知的地方被感染的[3]。
然而，华南海鲜市场已然关闭，目前的患者临床表现也表明，有很多新冠病毒感染者没有任何症状，因此，想从流行病学的角度分析新冠肺炎的发源地，几乎是不可能完成的事情。
随着新冠病毒的基因组数据越来越多，从遗传进化的角度溯源就变得可能了。
遗传学家可以通过新冠病毒的基因组信息，摸清不同新冠病毒之间的进化或亲缘关系。搞清楚谁是爸爸，谁是爷爷，谁是孙子，然后就可以给新冠病毒绘制个家谱了。
有了新冠病毒的家谱，我们就可以找到新冠病毒的祖先，然后循着这条证据线，就有望找到新冠病毒的发源地。
郁文彬等首先收集了世界各地科学家共享到GISAID EpiFluTM数据库中的93个新型冠状病毒样本的基因组数据。
初步分析发现，这93个新冠病毒中有140个位点的变异，其中120个位于基因编码序列中。基于此，他们将这些新冠病毒分成58种单倍型（可以简单的理解为是58个不同的新冠病毒）。
结合其他数据之后，他们发现与SARS病毒和MERS病毒相比，新冠病毒的变异较低。换句话说就是：当前新冠病毒还比较稳定。这可能是因为，新冠病毒相对比较温和，免疫系统没有给它们施加太大的压力。
接下来就是最重要的分析过程：分析这58个单倍型之间的进化关系，也就是绘制它们的家谱。
我这里就直接放图了，下面的图就是这58个新冠病毒的家谱。
上面那种图乍一看很复杂。我们先看右边的那个树杈一样的东西。
你可以明显看到它是由三部分组成，最上面的A组呈浅绿色，是一只脚的形状；中间淡紫色的B组是长方形；下面的C组没有背景色，一圈小圆圈围着一个大圆圈；D组和E组分别从C组的左右伸出一角。
也就是说，这58个新冠病毒的单倍型（编号为H1-H58）被分成了A、B、C、D、E五个组。他们的关系是，A组最古老，可以说是新冠病毒的祖先了，越往后辈分越低。这是个大概的情况。
然后，我请大家注意A组中的H13，B组中的H38（粉红色）和H3（四色圆饼），还有C组中的H1（最大的那个多色圆饼）。你甚至可以忽略掉上述几个单倍型周围所有的小圆圈，把它们四个单独拎出来看。
为了便于大家结合文字看图，我再放一次这张关键的图
这样的话，你就很容易发现两条简化路线：H13→H3→H1，以及H38→H3→H1。我们可以简单地认为这两条线就是祖孙三代之间的关系。H13和H38最古老，H3居中，H1最年轻。研究人员也认为，通过系统发育网络，基本可以认为H13和H38是新冠病毒的祖先单倍型。
不过研究人员也不排除还存在其他古老的单倍型，因为最早的感染者和12月初那部分感染者的数据，不包括在本研究之内。
接下来我要告诉你的是，来自武汉华南海鲜市场的新冠病毒都是H1及其后代（H1周围那一圈），没有H13和H38；甚至整个武汉的样本中只出现了一个H3，而且与华南海鲜市场没有关系。
那么更古老的、爷爷辈儿的H13和H38是从哪里的患者体内分离的呢？
H13出现在了5个深圳患者体内，他们也是广东首批确诊感染者。而H38则来自美国首例确诊患者。（搬运工注：很多墙内恶臭自媒体以此为论据称病毒起源美国，与下方的“五毒来源图”互相印证）他们的旅行记录表明，他们在2019年12月底至2020年1月初疫情爆发期间都到过武汉，但没有华南海鲜市场暴露史。
这说明，深圳那5名H13感染者和美国的H38感染者身上的病毒，有可能是通过武汉的医院或者其他不明渠道感染的。
基于以上数据，郁文彬等认为，其他科学家的猜测应该没错，华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方输入的。
不过，研究人员还是非常期待能有早期感染者的样本可供分析，说不定可以从这些患者体内找到H13和H38的踪迹，这对于寻找新冠病毒的发源地非常重要。
希望武汉哪家医院里还保存着某个不为人知的早期患者的样本。
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牆內已經有批駁這篇文章了
https://mp.weixin.qq.com/s/ge-fd-SBDtIzXp48lvC0Ug
来源 | 原创
作者 | 火星大叔
今天特别流行的一个信息是说，台湾有专家解读了关于新冠肺炎起源，然后这个消息迅速刷屏，然后很多人说，啊，原来这个病毒大概率是从美国进来的？原来我们不用说对不起了！
美国，你赶快说对不起吧！
各位读者，如果没有看过原文的，我简单放一个图，帮助你们了解来龙去脉：
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_jpg/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55ShqXrGEq8kzfxPee51IRoiclUSibAKhnuzWHtiaY2BCO7j7Ich9UVQCZV1g/640?wx_fmt=jpeg&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
这张图“？”的位置，就是新冠肺炎的祖宗，或者通俗点说就是“零号病人”，然后H38和GroupA的H13类型是其直接子辈，再往下是孙辈GroupB的H3类型，然后是GroupC的H1类型。
再告诉大家，武汉最流行的是H1，并没有H38、H13、H3。
那么，意思就是，既然在武汉找不到H38、H13和H3，就显得有了孙子找不到爷爷啦。
那么武汉、海鲜市场就不是新冠肺炎的起源地。
真的是这样吗？
其实，这件事情还不能那么早下结论。
当然，我也觉得，如果美国能说对不起，那是最好的。一来证明美帝再一次“邪恶了”，二来我们也卸下了包袱，第三我们更可以大张旗鼓喊说我们确实是“厉害了”。
但在这一切实锤之前，咱还得有确凿的证据和严密的论证对不对？
你们有几个人看过这篇论文？
我看过。我仔细看了。虽然我的水平肯定没有写论文的人那么高，但如果我们仅仅根据这篇论文中提及的所有事实来说，我们能够得出的结论并不是像文章开头所讲的那样。
所以，事情紧急，我现在就发文，等不到明天凌晨天亮了。
首先，这篇论文发表在中国科学院科技论文预发布平台上，文章我搜到了，是全英文的，网址是：“http://chinaxiv.org/abs/202002.00033”。很多自媒体发消息的时候根本不给详细名字和网址，这哪是做学问的态度呢？
这些自媒体读没读过这篇文章？颇为可疑。
其次，这里面最直观的--因为很多人看不懂英文，我其实也是一知半解，但不妨碍我做推理--图片还是最能让人理解的，这张图片，确实包含在论文里。
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55Sh7d9VBicAr3Kp46Zeewq2hwMHazn9hfiasYgwSLH3A5hAichhxS6nJscYQ/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
我们看图右上角，mv1，根据论文所说，这就是来自蝙蝠，这是毫无疑问的。
接下来，我们看，mv1分出来H38和H13，注意看，mv1到H13之间有一条淡淡的线，这个线很多人忽略了，就会看不懂，我一开始也没看清楚，直到我下载了清晰版本，我才看到真有这条线。
所以仔细读图，我们的结论：H13不是从H3来的。虽然那条线是比较粗！事实正好相反：H3是从H13来的。
不相信的话，我们还可以联系上下文：论文里多次提及，H13和H38都可看作“爷爷辈”，所以，H13和H38的辈分是一样的。也就是说mv1直接出来了H13，H13不是来自H3。
大家都已经先入为主认为，武汉就是只有H1，也就是最大、最红那一坨。没有H13和H38。这样理解是对的，但不全面。
为什么？
因为论文里明确说到，H38只有一例，虽然辈分高，但只有一例，他在美国。他也是美国第一例被确诊的新冠肺炎患者。那这么说来，病毒是从美国来的？
完全不是啊，因为，他在1月15日回美国之前在哪里？在武汉。
论文里明确有这一段：
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55ShaRaoUxC2RHIkDzoxjmIibdN2mJuye33VSpQsxSMS5HbRDK14fqHfqNQ/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
论文原文是英文，但是我用WPS翻译成中文，并且我也用我蹩脚的英文水平跟原本比对过了，这里的翻译没有问题。
所以，H38虽然没在武汉，但是武汉传染过去的。武汉不能在这个案例上撇清关系。
这件事，不知道为什么现在流传很广的自媒体文章完全没有提及啊！这是为什么？我不能明白！
再来，H13是怎么回事？
H13是在深圳的一小群，跟H38一样，他们也有前往武汉旅行的经历！
原文是这样写（同样WPS翻译，我本人原文比对）
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55Sh5zfjsdSkgHMJQWEI63KPGMVYeOVrfSzuObueJ2u1MG59KiavMW07lxQ/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
那为什么台湾专家和众多现在流传很广的自媒体文章完全没有提及H13也来自武汉啊！这是为什么？我不能明白！
另外，不是说美国“五毒俱全”吗？其实除了H38之外，美国还有一例H35，大家看图，H35属于Group A，辈分极高！
论文说，这例来自美国亚利桑那，仅有一例。
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55Shfiaovwib5JJTrIzckDZm4WSKS2RuFIwxIL1hICNTicKfzWZ6JeHMjumhg/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
呵呵，这锅还是不能让美国背。因为此人是中国留学生，曾访问武汉。
证据在这：
http://news.sina.com. cn/s/2020-02-05/doc-iimxyqvz0563561.shtml
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55Sh02lDJMAHFAlbwYvTXkcN45tn51xL1H577Wjt7CBGLBibE7kicAoSPWJw/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
还有啥好说？
其实看一下论文中说的，就大概明白了：11个案例中，11种类型，相互没有人传人。上上一个图，划红线的地方。
那么就很简单了：全部是输入型。
所以，美国“五毒俱全”，不一定表示美国是原始发源地，也许只能说明美国的输入源多样且复杂。这也符合美国世界航运中心地位。四面八方人都会去美国啊！
联想到，美国率先主动中断跟中国之间的航班，大家就可以理解为啥了。
美国也有美国的特殊国情，也有难处啊！
所以，现在流行很广的说法：美国有可能是此次新冠肺炎的发源地，完全是禁不起推敲的。因为“爷爷辈”H13和H38，都是起源于武汉。只不过因为某些原因，没在武汉泛滥而已。
而且，日本和其他地方，有一些病例，同样不是来自武汉，而是来自广东！但是如果我们懂得H13的历史，我们就知道，源头还是在武汉！
不过，武汉找不到H13和H38的原因，其实还有另一种可能：因为武汉H1型太多，也许有H13和H38，但样本太少，未能覆盖到。
这种可能性不能排除。
因为这篇论文一共才引用到93个病例。覆盖面很小，而且全部都是12月下旬以后的采样。
要追根溯源，当然需要12月8日和早于12月8日的案例。但可惜这一块目前没有发现、付之阙如。所以，因此而得出的种种结论，其可信度有多少？大家自己揣摩。
我们讲明白这些辈分之类的事情之后，我还要讲几个事。
第一，美国之前因为电子烟死的人，会不会是新冠肺炎？尽管台湾专家和众多自媒体文章说得有鼻子有眼的，但我要问一个问题，如果电子烟死的人当中确实有新冠肺炎患者，那为什么他们的家庭和朋友没有被传染？在美国那样医学发达的地方，一旦有几个这样的家庭聚集性传染案例，能不暴露出来吗？
如果，美国医生真的全体睡着了的话，新冠肺炎早就从去年9月开始在美国大范围传播了，我们武汉从1月初到现在传染了7万多。这种速度放在美国，以美国“佛系管控”的应对方式，恐怕美国到现在人已经全死光了吧？
第二，关于日本质疑美国是新冠肺炎源头的那件事，其实我都不想多说，因为这件事早几天就被辟谣过了。腾讯较真就有相关文章，也可以去美国CDC看原话。我真的不想重复再去辟已经被辟过的谣。
第三，还有一些自媒体文章说伊朗的前三个确诊者都没去过中国，其实并不是的。伊朗的第一个病人是一个经常来中国的生意人。
第四，说意大利第一个病人接触过中国人，吃过一顿饭，但那中国人核酸阴性。其实，检测时核酸阴性未必说明这个中国人没传染过病毒。国内很多例子，大家也都有了解。有些人轻症，自己没当回事，就自动好了。有些人阳性，但不发病。所以，意大利这个病人接触的中国人，很可能当时有阳性，但后来好了。
好了。综上，我们已经弄清了。光凭发表在中科院科技论文预发表平台上这篇2月21日提交的，名为《Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data》的文章，我们并不能认定美国是新冠肺炎的发源地！
这张大图也送给大家。里面包括了几个小图。大家闲着没事看看也好：
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55ShJarMoklQ2ddo7cvrlK9LITTcm4VPoEw1foHBpT40GpiczHv8UtooQ0A/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
不过，这篇论文也还是有一点收获，那就是说：海鲜市场，并不一定是发源地。
https://mmbiz.qpic. cn/mmbiz_png/UnK2RzbfEzaVPFibcFN0TqbssaVkX55ShbCOyP3sBnrNvW4pjFiaN7V5EjCxvFNTxfzR5E1qRAsTVxA74J23x5Jw/640?wx_fmt=png&tp=webp&wxfrom=5&wx_lazy=1&wx_co=1
这也是钟南山院士说过的。院士说的并没有错，但别有用心的人拿来忽悠不具备一般科学素养和认真研究精神的大众，把发源地往美国那边领，那就是居心叵测了。
真正的发源地在哪？恐怕还需要给科学家时间去探究。
我们作为瓜众，耐心等待就好。
火星社会是一个致力于带给大家科学知识的公众号。我们的梦想是带领人类在火星上殖民。我们的未来是星辰大海，但我们的基石必然是科学的精神和脚踏实地的态度。请长按文末二维码关注本号，以免错过精彩。
其實只要關注一些環球科學（科學美國人中國版）、自然科研等公眾號------上面的資訊都可以對這些謠言免疫了
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全文梳理得很好，其实关于这次疫情《环球科学》、《自然科研》等公众号陆续发表的文章已经揭示了部分真相，余下的因为没先封存样本即关闭华南海鲜市场、拒绝第三方科研、医疗机构和人员进入疫区独立调查等等原因———真相可能会被掩埋在迷雾之中。这篇文章补充一点———去年美国CDC关于电子烟引发的肺炎已有初步结论上：“这表明维生素E醋酸酯与肺病相关，但其致病机理尚不明确。此外，研究人员还在23份样本中检测到四氢大麻酚、16份样本中有尼古丁代谢物。目前，研究人员尚不能排除其他物质也引发了相关肺病。”
https://mp.weixin.qq.com/s/ge-fd-SBDtIzXp48lvC0Ug
来源 | 原创
作者 | 火星大叔
今天特别流行的一个信息是说，台湾有专家解读了关于新冠肺炎起源，然后这个消息迅速刷屏，然后很多人说，啊，原来这个病毒大概率是从美国进来的？原来我们不用说对不起了！
美国，你赶快说对不起吧！
各位读者，如果没有看过原文的，我简单放一个图，帮助你们了解来龙去脉：
这张图“？”的位置，就是新冠肺炎的祖宗，或者通俗点说就是“零号病人”，然后H38和GroupA的H13类型是其直接子辈，再往下是孙辈GroupB的H3类型，然后是GroupC的H1类型。
再告诉大家，武汉最流行的是H1，并没有H38、H13、H3。
那么，意思就是，既然在武汉找不到H38、H13和H3，就显得有了孙子找不到爷爷啦。
那么武汉、海鲜市场就不是新冠肺炎的起源地。
真的是这样吗？
其实，这件事情还不能那么早下结论。
当然，我也觉得，如果美国能说对不起，那是最好的。一来证明美帝再一次“邪恶了”，二来我们也卸下了包袱，第三我们更可以大张旗鼓喊说我们确实是“厉害了”。
但在这一切实锤之前，咱还得有确凿的证据和严密的论证对不对？
你们有几个人看过这篇论文？
我看过。我仔细看了。虽然我的水平肯定没有写论文的人那么高，但如果我们仅仅根据这篇论文中提及的所有事实来说，我们能够得出的结论并不是像文章开头所讲的那样。
所以，事情紧急，我现在就发文，等不到明天凌晨天亮了。
首先，这篇论文发表在中国科学院科技论文预发布平台上，文章我搜到了，是全英文的，网址是：“http://chinaxiv.org/abs/202002.00033”。很多自媒体发消息的时候根本不给详细名字和网址，这哪是做学问的态度呢？
这些自媒体读没读过这篇文章？颇为可疑。
其次，这里面最直观的--因为很多人看不懂英文，我其实也是一知半解，但不妨碍我做推理--图片还是最能让人理解的，这张图片，确实包含在论文里。
我们看图右上角，mv1，根据论文所说，这就是来自蝙蝠，这是毫无疑问的。
接下来，我们看，mv1分出来H38和H13，注意看，mv1到H13之间有一条淡淡的线，这个线很多人忽略了，就会看不懂，我一开始也没看清楚，直到我下载了清晰版本，我才看到真有这条线。
所以仔细读图，我们的结论：H13不是从H3来的。虽然那条线是比较粗！事实正好相反：H3是从H13来的。
不相信的话，我们还可以联系上下文：论文里多次提及，H13和H38都可看作“爷爷辈”，所以，H13和H38的辈分是一样的。也就是说mv1直接出来了H13，H13不是来自H3。
大家都已经先入为主认为，武汉就是只有H1，也就是最大、最红那一坨。没有H13和H38。这样理解是对的，但不全面。
为什么？
因为论文里明确说到，H38只有一例，虽然辈分高，但只有一例，他在美国。他也是美国第一例被确诊的新冠肺炎患者。那这么说来，病毒是从美国来的？
完全不是啊，因为，他在1月15日回美国之前在哪里？在武汉。
论文里明确有这一段：
论文原文是英文，但是我用WPS翻译成中文，并且我也用我蹩脚的英文水平跟原本比对过了，这里的翻译没有问题。
所以，H38虽然没在武汉，但是武汉传染过去的。武汉不能在这个案例上撇清关系。
这件事，不知道为什么现在流传很广的自媒体文章完全没有提及啊！这是为什么？我不能明白！
再来，H13是怎么回事？
H13是在深圳的一小群，跟H38一样，他们也有前往武汉旅行的经历！
原文是这样写（同样WPS翻译，我本人原文比对）
那为什么台湾专家和众多现在流传很广的自媒体文章完全没有提及H13也来自武汉啊！这是为什么？我不能明白！
另外，不是说美国“五毒俱全”吗？其实除了H38之外，美国还有一例H35，大家看图，H35属于Group A，辈分极高！
论文说，这例来自美国亚利桑那，仅有一例。
呵呵，这锅还是不能让美国背。因为此人是中国留学生，曾访问武汉。
证据在这：
http://news.sina.com. cn/s/2020-02-05/doc-iimxyqvz0563561.shtml
还有啥好说？
其实看一下论文中说的，就大概明白了：11个案例中，11种类型，相互没有人传人。上上一个图，划红线的地方。
那么就很简单了：全部是输入型。
所以，美国“五毒俱全”，不一定表示美国是原始发源地，也许只能说明美国的输入源多样且复杂。这也符合美国世界航运中心地位。四面八方人都会去美国啊！
联想到，美国率先主动中断跟中国之间的航班，大家就可以理解为啥了。
美国也有美国的特殊国情，也有难处啊！
所以，现在流行很广的说法：美国有可能是此次新冠肺炎的发源地，完全是禁不起推敲的。因为“爷爷辈”H13和H38，都是起源于武汉。只不过因为某些原因，没在武汉泛滥而已。
而且，日本和其他地方，有一些病例，同样不是来自武汉，而是来自广东！但是如果我们懂得H13的历史，我们就知道，源头还是在武汉！
不过，武汉找不到H13和H38的原因，其实还有另一种可能：因为武汉H1型太多，也许有H13和H38，但样本太少，未能覆盖到。
这种可能性不能排除。
因为这篇论文一共才引用到93个病例。覆盖面很小，而且全部都是12月下旬以后的采样。
要追根溯源，当然需要12月8日和早于12月8日的案例。但可惜这一块目前没有发现、付之阙如。所以，因此而得出的种种结论，其可信度有多少？大家自己揣摩。
我们讲明白这些辈分之类的事情之后，我还要讲几个事。
第一，美国之前因为电子烟死的人，会不会是新冠肺炎？尽管台湾专家和众多自媒体文章说得有鼻子有眼的，但我要问一个问题，如果电子烟死的人当中确实有新冠肺炎患者，那为什么他们的家庭和朋友没有被传染？在美国那样医学发达的地方，一旦有几个这样的家庭聚集性传染案例，能不暴露出来吗？
如果，美国医生真的全体睡着了的话，新冠肺炎早就从去年9月开始在美国大范围传播了，我们武汉从1月初到现在传染了7万多。这种速度放在美国，以美国“佛系管控”的应对方式，恐怕美国到现在人已经全死光了吧？
第二，关于日本质疑美国是新冠肺炎源头的那件事，其实我都不想多说，因为这件事早几天就被辟谣过了。腾讯较真就有相关文章，也可以去美国CDC看原话。我真的不想重复再去辟已经被辟过的谣。
第三，还有一些自媒体文章说伊朗的前三个确诊者都没去过中国，其实并不是的。伊朗的第一个病人是一个经常来中国的生意人。
第四，说意大利第一个病人接触过中国人，吃过一顿饭，但那中国人核酸阴性。其实，检测时核酸阴性未必说明这个中国人没传染过病毒。国内很多例子，大家也都有了解。有些人轻症，自己没当回事，就自动好了。有些人阳性，但不发病。所以，意大利这个病人接触的中国人，很可能当时有阳性，但后来好了。
好了。综上，我们已经弄清了。光凭发表在中科院科技论文预发表平台上这篇2月21日提交的，名为《Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data》的文章，我们并不能认定美国是新冠肺炎的发源地！
这张大图也送给大家。里面包括了几个小图。大家闲着没事看看也好：
不过，这篇论文也还是有一点收获，那就是说：海鲜市场，并不一定是发源地。
这也是钟南山院士说过的。院士说的并没有错，但别有用心的人拿来忽悠不具备一般科学素养和认真研究精神的大众，把发源地往美国那边领，那就是居心叵测了。
真正的发源地在哪？恐怕还需要给科学家时间去探究。
我们作为瓜众，耐心等待就好。
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其實只要關注一些環球科學（科學美國人中國版）、自然科研等公眾號------上面的資訊都可以對這些謠言免疫了
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全文梳理得很好，其实关于这次疫情《环球科学》、《自然科研》等公众号陆续发表的文章已经揭示了部分真相，余下的因为没先封存样本即关闭华南海鲜市场、拒绝第三方科研、医疗机构和人员进入疫区独立调查等等原因———真相可能会被掩埋在迷雾之中。这篇文章补充一点———去年美国CDC关于电子烟引发的肺炎已有初步结论上：“这表明维生素E醋酸酯与肺病相关，但其致病机理尚不明确。此外，研究人员还在23份样本中检测到四氢大麻酚、16份样本中有尼古丁代谢物。目前，研究人员尚不能排除其他物质也引发了相关肺病。”
谢邀。
我不是这个方面的专家，论文我也看不懂，只能从逻辑上说说。恰好我刚才在其他帖子里回复了，转过来，在下面。
如我下面所说，我觉得这个研究的采样数很重要，现在几十例，我觉得数据样本还不够多，只能供参考，还是要等更多的科研证据。
******************************
https://pincong.rocks/question/item_id-185783
这个论文的采样数其实很重要。
实际上，这篇论文唯一能得出确定的结论，是：美国NCoV已经大规模传染了。其他的结论都不成立。
不管美国是不是发源地，哪怕5种毒株全是输入型的，都是外国人带进去的——以美国的人员流动性来说，这也合理——但在仅仅有几例病例的情况下，就能凑齐5种毒株，从概率上说，只能说明美国的病例不可能就这么几例。
日本人在夏威夷染病也能说明这个状况，如果是当地人传染了他，说明当地的社区传染已经比较严重；如果是去夏威夷的中国人传染了他，显然一个中国游客，接触到一个日本游客的同时，会接触到十几甚至几十的当地人，会传染更多的当地人。
至于中国不是发源地，这个不确定，所以我说论文的采样数很重要。如果采样数不足，也许感染了其他毒株的病人没有被采样。
美国是发源地，其实也不能确定，上面说了，以美国的人口流动性来说，全是输入也是有可能的
我不是这个方面的专家，论文我也看不懂，只能从逻辑上说说。恰好我刚才在其他帖子里回复了，转过来，在下面。
如我下面所说，我觉得这个研究的采样数很重要，现在几十例，我觉得数据样本还不够多，只能供参考，还是要等更多的科研证据。
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https://pincong.rocks/question/item_id-185783
这个论文的采样数其实很重要。
实际上，这篇论文唯一能得出确定的结论，是：美国NCoV已经大规模传染了。其他的结论都不成立。
不管美国是不是发源地，哪怕5种毒株全是输入型的，都是外国人带进去的——以美国的人员流动性来说，这也合理——但在仅仅有几例病例的情况下，就能凑齐5种毒株，从概率上说，只能说明美国的病例不可能就这么几例。
日本人在夏威夷染病也能说明这个状况，如果是当地人传染了他，说明当地的社区传染已经比较严重；如果是去夏威夷的中国人传染了他，显然一个中国游客，接触到一个日本游客的同时，会接触到十几甚至几十的当地人，会传染更多的当地人。
至于中国不是发源地，这个不确定，所以我说论文的采样数很重要。如果采样数不足，也许感染了其他毒株的病人没有被采样。
美国是发源地，其实也不能确定，上面说了，以美国的人口流动性来说，全是输入也是有可能的
中国科学院西双版纳热带植物园的郁文彬副研究员，联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员，在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上发表重要研究论文
想不到连这arXiv都有中国的山寨版，不知道各位中国科学家准不准备把论文发到国际上同行评审一下，还是说就像各大习近平思想论文一样是怕家丑不可外扬？
另：看了一眼ChinaXiv的主页，看来这网站自己都看不下去了
自疫情爆发以来，ChinaXiv全力支持国内外相关研究内容的预发布，并于近期收到大量关于新冠肺炎的论文。本平台提示您：目前这些论文是未经同行评审的初步报告，不应被视为结论性的、指导临床实践/健康相关行为的信息，也不应作为既定事实在新闻媒体报道。
笑
保持中立态度。不过你支连基本的数据都是假的，伪造一下病毒样本的基因序列还不是信手拈来？
从这文章可以得出的结论是，时间点提前到11月，华南只是二道贩子，早期的病毒版本是在武汉其他地方。
2月头北京市疾控中心发布战时状态令——强化实验室管理，坚决杜绝病原菌（毒）种及各种样本被盗、泄露、遗失。
2月头北京市疾控中心发布战时状态令——强化实验室管理，坚决杜绝病原菌（毒）种及各种样本被盗、泄露、遗失。
我上次说过了，一般粉红甩锅美国一般都是用军运会，因为美国西雅图和深圳的那个病人都是2019年12月底到2020年1月初在武汉的。但是最早的话湖北卫健委通报12月8日就有确诊的，这篇论文里面提到11月底12月初就有人传人了，所以要最早传播也不是他们，现在只是用他们身上的新冠病毒某基因没在武汉找到说事，但是没找到不代表没有，中科院这篇论文也说的很清楚了。
（修改了一下）
国务院下属经济日报文章地址：http://www.bjd.com. cn/a/202002/29/WS5e5a7b9ee4b05d1eff0b3c62.html
疑问来了：源头在不在美国？
研究到此并未结束。顺藤摸瓜，论文研究团队对两个“古老的”单倍型，即爷爷辈单倍型H13和H38的病毒样品又溯源，发现他们分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。其中，美国的这个病患就是台湾节目中提到的单倍型H38的病毒样品。
既然爷爷辈的单倍型是在深圳和美国发现的，那么这是不是说明深圳和美国就是新冠病毒的发源地呢？
事情没有想象的那么简单。关于判断新冠病毒来源，上海市新冠肺炎医疗救治专家组组长、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏在接受有关媒体采访时，曾说了两点：
一、这个病毒出现的时间点，哪里最先出现的，要追究这个时间的先后；
二、要寻找它在进化树上面的位置，后面基因的进化是在前面的基础上。
而追踪爷爷辈单倍型H13和H38患者的感染时间和活动轨迹，论文研究团队发现，两位患者的旅行记录显示，他们应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉活动期间被感染的。换句话说，论文研究团队认为两个爷爷辈单倍型H13和H38来自武汉。
========================================
其实就是
中科院那篇论文里面第八页到第九页
这一大段吧
中科院的论文认为深圳那家人（也就是病毒是H13单倍体）应该在武汉被感染，那么H13单倍体应该来源武汉，但是武汉还没有发现，论文认为有可能是H3单倍体派生出来导致的。
H38单倍提病毒携带者，也就是美国首例，在华盛顿州那个。论文认为也是在武汉被感染了的。而作者认为H38应该来源与H13。
然后论文在11页
就是论文预计H38和H13单倍体在武汉会被找到，而且H38和H13也不是病毒共同起源单倍体。
本身只要仔细阅读一下论文，网上很多阴谋论东西就是写不出来的。不过党宣利用大家不读英语论文罢了。而且这个论文的网站本身就说了，这论文本身就是预览，不是什么真相来源，就是里面都不是完全正确的。
论文地址：http://eprint.las.ac. cn/abs/202002.00033
（修改了一下）
国务院下属经济日报文章地址：http://www.bjd.com. cn/a/202002/29/WS5e5a7b9ee4b05d1eff0b3c62.html
疑问来了：源头在不在美国？
研究到此并未结束。顺藤摸瓜，论文研究团队对两个“古老的”单倍型，即爷爷辈单倍型H13和H38的病毒样品又溯源，发现他们分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。其中，美国的这个病患就是台湾节目中提到的单倍型H38的病毒样品。
既然爷爷辈的单倍型是在深圳和美国发现的，那么这是不是说明深圳和美国就是新冠病毒的发源地呢？
事情没有想象的那么简单。关于判断新冠病毒来源，上海市新冠肺炎医疗救治专家组组长、复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏在接受有关媒体采访时，曾说了两点：
一、这个病毒出现的时间点，哪里最先出现的，要追究这个时间的先后；
二、要寻找它在进化树上面的位置，后面基因的进化是在前面的基础上。
而追踪爷爷辈单倍型H13和H38患者的感染时间和活动轨迹，论文研究团队发现，两位患者的旅行记录显示，他们应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉活动期间被感染的。换句话说，论文研究团队认为两个爷爷辈单倍型H13和H38来自武汉。
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其实就是
中科院那篇论文里面第八页到第九页
这一大段吧
According to an epidemiological study, the Shenzhen family traveled to Wuhan after the outbreak was announced, and they could have been infected during their visit in Wuhan from a hospital or an unknown common source.This suggests that H13 should have originated from Wuhan, but none of the available samples from Wuhan encode haplotypes in Group A.It is possible that H13 was newly derived from H3 in the family from Shenzhen (Figure 3C) and did not spread in Wuhan, or that no samples have been sequenced yet. However, this scenario is not supported by the evolutionary network. H38 has three genomes from the same patient (Table S1), who was the first identified infected patient in the United States.He should have been infected while visiting his family in China. The original source of H38 can be explained as that of H13, which is also derived from H3, and the derived H45 was from a Chongqing patient who was working in Wuhan.
中科院的论文认为深圳那家人（也就是病毒是H13单倍体）应该在武汉被感染，那么H13单倍体应该来源武汉，但是武汉还没有发现，论文认为有可能是H3单倍体派生出来导致的。
H38单倍提病毒携带者，也就是美国首例，在华盛顿州那个。论文认为也是在武汉被感染了的。而作者认为H38应该来源与H13。
然后论文在11页
If there are any frozen samples from those patients, it would be worth doing genomic sequencing for phyloepidemiologic study to help to locate the birthplace of SARS-CoV-2 in Wuhan. Meanwhile, we expect that the H13 and H38 haplotypes will be found in some samples of infected patients in Wuhan if more samples are sequenced in future. This will be very important in the search for the original sources of SARS-CoV-2, because both H13 and H38 tend to be ancestral haplotypes.
就是论文预计H38和H13单倍体在武汉会被找到，而且H38和H13也不是病毒共同起源单倍体。
本身只要仔细阅读一下论文，网上很多阴谋论东西就是写不出来的。不过党宣利用大家不读英语论文罢了。而且这个论文的网站本身就说了，这论文本身就是预览，不是什么真相来源，就是里面都不是完全正确的。
论文地址：http://eprint.las.ac. cn/abs/202002.00033
美国如果真有这种能力为什么不投放到北京呢？难道特朗普也觉得总加速师不能死？需要他持续加速？
这有什么可信的，不给确诊在家死亡的样本在哪里？中国的检测药剂可以检测所有类型的样本还是只有一种类型？中国连销毁样本的事情都干的出来你如何确定论文能反映所有已知信息？
所以说明是p4实验室传出来的。。。很好
另外病毒变异已经很多变种了 你不能单拿武汉一个地区做比较
另外病毒变异已经很多变种了 你不能单拿武汉一个地区做比较
到时候真把美国人惹毛了要去武汉调查看他怎么办。
能发出来给老百姓看到的，都是大外宣，这是我一贯坚持的真理，可以作为反方向的风向标。
因为病毒很快就会被全世界证明是人工合成的 在此之前 发源地的修改就变得至关重要
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