現代共軍裡也有分派系嗎？

分，原各军区之间明争暗斗很激烈。
比如汶川地震之后，三军、四总和各军区分别承接了一座学校的援建任务。军委三令五申不许攀比，但这帮货为了面子还是拼命砸资源：
你援建的学校按四星宾馆标准修宿舍，我援建的小学就按军用永固工事标准做抗震（号称除非吃原子弹否则绝对不会塌）。空军干脆送了一架飞机摆学校院子里。

兄弟都会反目，何况共产党，共产党一直不都是杀同类来集权吗？

有，而且斗争比政府系统、党务系统非常惨烈，因为军队是封闭体系，司法管不着。
习近平一上台就清洗了徐才厚、郭伯雄的派系，提拔的都是自己人。