如果中华民国控制大陆，新疆、西藏等地的独立势力会怎么样？

3.因民主化而独立意愿减弱，逐渐消失

在两蒋时代，1.仍然是政府打击的对象，并且独立势力一定会转入地下游击战。
但是中华民国不可能一直继续两蒋极权统治，蒋家第三代没有继续执政的可能性仍然很大(虽然可能会比现在这个时间点晚若干年)始终会民主化。这时独立势力将2.仍然很活跃，但因民主化而能自由表达诉求。

西藏搞不好真的独立出去，原本民国对西藏的控制力度本身就很弱，而且蒋介石已经同意西藏公投了，新疆也很难说，除非你假设的那个平行世界里没有苏联

西藏那边是印度，可以说跟民国一个阵营，难以估计。新疆会成为冷战前沿，设立美军基地。