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《戡亂時期檢肅匪諜條例》（以下簡稱本條例）是白色恐怖時期最為重要的特別刑法之一，制定公布於1950年6月13日。其後，曾在1954年12月28日，修正第十四條，最終於1991年6月3日公布廢止，施行期間長達41年。

本條例全文共十五條，立法之主要目的，在於明確規定匪諜之定義、主管之治安機關、人民應如何進行告密檢舉、匪諜之財產如何進行沒收等等事項。而在白色恐怖時期，諸多讓人耳熟能詳的政治標語，例如「小心！匪諜就在你身邊！」「檢舉匪諜，人人有責！」等，均係來自於本條例。以下僅就其主要內容擇要簡述：

一、匪諜之定義（第二條）：所謂「匪諜」，係「指懲治叛亂條例所稱之叛徒，或與叛徒通謀勾結之人。」至於《懲治叛亂條例》所稱之「叛徒」，依該條例第一條第二項及第二條之規定，係指犯《刑法》第一○○條第一項（普通內亂罪）、第一○一條第一項（暴動內亂罪）、第一○三條第一項（通謀開戰罪）、第一○四條第一項（通謀喪失領域罪）等罪之人。「與叛徒通謀勾結之人」，係指犯《懲治叛亂條例》第三條至第七條等罪行之人。換言之，本條例所稱之「匪諜」，其實並不僅限於「中國共產黨」派遣來臺潛伏之人員（亦即一般人所理解之「匪諜＝共匪諜報人員」）。解釋上，尚可擴及於其他所有可能構成「顛覆政府」罪行之人（例如臺獨組織成員）。

二、告密檢舉及連保制度：此為檢肅流氓制度之核心內容。凡發現匪諜或有匪諜嫌疑者，無論何人，均應向當地政府或治安機關告密檢舉。主管機關對於告密檢舉人，則應保守其秘密。（第四條）。如果明知為匪諜而不告密檢舉或縱容之者，則應判處1年以上、7年以下之有期徒刑（第九條）。此外，本條例第五條更規定：「人民居住處所有無匪諜潛伏，該管保甲長或里鄰長應隨時嚴密清查（第一項）。各機關、部隊、學校工廠或其他團體所有人員，應取具二人以上之連保切結，如有發現匪諜潛伏，連保人與該管直屬主管人員應受嚴厲處分……。」行政院並據此訂頒「戡亂時期檢肅匪諜舉辦聯保連坐辦法」。

整套匪諜檢肅制度，主要仰賴人們彼此監視、密告檢舉與聯保連坐。在白色恐怖時期的臺灣，藉由這套制度的運作，統治者得以在國家正式情治系統之外，將社會也建制成一座人人彼此相互監視、告密，同時又互負嚴酷連坐責任的「圓形監獄」（Panopticon）。除此之外，這套制度也造成許多遭誣陷連坐入獄、甚至遭到處決的冤錯假案。例如著名的「雷震案」，雷震本人即因「知匪不報」而遭到軍事法庭判刑10年。當局先刑求、利誘、炮製出一名匪諜劉子英，再聲稱雷震對劉子英「明知為匪諜而不告密檢舉」。

三、主管機關及其權限：依本條例第三條，凡依據法律或命令，負有檢肅匪諜或維持治安之政府機關，即係本條例所稱之「治安機關」，範圍包括戒嚴司令部、防衛司令部、保安司令部、衛戍司令部、警衛司令部、守備區司令部、警備總司令部、警備地區司令部、調查局、其他負責地方治安的憲警單位以及各軍政機關中所設置之保防單位等。

在治安機關的強制處分權限方面，對於匪諜或有匪諜嫌疑者，治安機關除得予以逮捕外，並得搜索其身體、住宅或其他有關處所，或檢查扣押其郵件、電報、印刷品、宣傳品或其他文書圖畫，乃至於扣押武器、彈藥、爆炸物、無線電機或其他供犯罪所用物品（第六條）。

四、交付感化制度：對於經治安機關逮捕的匪諜或有匪諜嫌疑者，如果是罪證顯著者，當地之最高治安機關（例如臺灣地區的「臺灣警備總司令部」、金門地區的「金門防衛司令部」）得對其依法加以審判，並科以《懲治叛亂條例》所規定之刑罰。即便是犯罪情節輕微者，只要當地最高治安機關認為有必要時，亦得將其交付感化（第八條）。行政院並據此訂頒有《戡亂時期匪諜交付感化辦法》。此類感化案件，在白色恐怖時期中屢見不鮮。舉其著名者，例如「雷震案」中的被告傅正及馬之驌，即均被判處感化教育3年。

五、沒收財產及檢舉獎金：依本條例第十二條，匪諜之財產，得依《懲治叛亂條例》沒收之。至於第十四條第一項有關檢舉獎金之規定，在1950年制定公布的條文中，原係明文規定對於沒收匪諜之財產，得提撥30%作為告密檢舉人之獎金；35%可作為承辦出力人員之獎金及破案費用，其餘則解繳國庫。惟因「流弊滋甚」，才在1954年時加以修正成為：「（第一項）沒收匪諜之財產，一律解繳國庫。（第二項）破獲之匪諜案件，其告密、檢舉人及直接承辦出力人員應給獎金，由國庫支付；其給獎辦法，由行政院定之。（第三項）前兩項所定收支，應編列預算。」行政院並據此訂頒《戡亂時期檢肅匪諜給獎辦法》，依據沒收財產之金額多寡，分級遞減發給百分之20到百分之5不等之獎金。

此一匪諜財產沒收及檢舉、辦案獎金制度，使得告密檢舉人以及辦案人員可因此獲取高額之獎金，無形之中自然大幅提高了誣陷他人入案、乃至於炮製冤錯假案的可能性。例如實際負責叛亂犯及匪諜案件的前保密局官員谷正文就曾經在受訪記錄中指出：「匪諜案大多是錯案、假案、冤案，原因是獎金害死人。」前調查局官員李世傑也在著作中認為：「辦刑案，最誘惑人的，是獎金。」根據已有的研究指出，臺灣省保安司命部自1949年至1957年間處理沒收叛亂案件之財務統計，總額共計新臺幣13,629,392元，其中密告（檢舉）獎金達3,119,525元，佔23%；辦案獎金則為4,463,534元，佔33%。如以當時臺大醫師之每月薪資僅有數百元相對比，即可得知此項巨大誘因所可能產生之流弊。

此外，對於社會上的一般人來說，以獲取高額獎金來作為檢舉的誘因，也是變相的鼓勵人們彼此互相出賣或挾怨報復，無形之中嚴重破壞了人與人之間原本應有的信任關係。