关于E蛋白100%相似的计算
看到上帖
武汉病毒居然和军方舟山蝙蝠病毒E蛋白100%相似意味着什么？
本人几经周折，终于澄清了误解，明白了如何计算突变概率，以及如何使用BLAST。本贴即意在整合该帖关于相似度的有用信息：
SARS病毒属于RNA病毒，RNA碱基有四种。每三个碱基生成一个氨基酸，一串氨基酸经加工成为一个蛋白质。生成一个氨基酸的三个碱基被称作一个密码子。不同的密码子可能生成同一种氨基酸：64种密码子可以生成21种氨基酸。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/66774040
https://zh.wikipedia.org/wiki/核糖核酸
https://zh.wikipedia.org/zh/遗传密码
在Protein BLAST里的Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)处输入QHD43418.1，即武汉病毒E蛋白的Query ID，点击BLAST，稍作等待即可看到结果。
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
BLAST里面的"Per. Ident"全称为"Percent Identity"，指的是氨基酸序列重合率，而非碱基序列重合率，可在"Alignments"选项卡里找到详细资料；"E Value"全称为"Expect Value"或"Expected Value"，即在完全巧合的情况下相似条目的数量。E Value并非概率值，而是可能的、库里存在的条目数。
https://ase.tufts.edu/chemistry/walt/sepa/Activities/BLASTpractice.pdf
https://www.unmc.edu/bsbc/docs/NCBI_blast.pdf
https://www.researchgate.net/post/What_is_E-value_exactly_means_and_what_is_it_1e-63_representing
https://www.researchgate.net/post/What_does_E_value_in_BLAST_actually_indicates
其与SARS病毒的E Value为2e-43，即2*10^(-43)，但其并非完全巧合，所以意义不大。75个密码子，各对应3个碱基，共有75*3个碱基。因其他蛋白多次变异，虽然E蛋白不在高变区，E蛋白也应多次变异，根据遗传密码，基因变异后保持氨基酸不变的概率不高，大部分出现在密码子第三个碱基。在此情况下能达到氨基酸100%相似，用人为更能解释通。
武汉病毒全部蛋白的信息：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
多种SARS病毒全部蛋白的信息：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Bat+SARS-like+coronavirus+complete+genome
translation为氨基酸序列，ORIGIN为碱基序列
最后，本人对上帖层出不穷的对人不对事攻击的行为，以及支持此种行为的行为感到十分遗憾。
再最后，非常感谢 老年人翻墙 、 Detention 两位葱友提供的专业知识；感谢某位葱友指正本人"SARS为综合征；应称为'SARS病毒'"的错误。
武汉病毒居然和军方舟山蝙蝠病毒E蛋白100%相似意味着什么？
本人几经周折，终于澄清了误解，明白了如何计算突变概率，以及如何使用BLAST。本贴即意在整合该帖关于相似度的有用信息：
SARS病毒属于RNA病毒，RNA碱基有四种。每三个碱基生成一个氨基酸，一串氨基酸经加工成为一个蛋白质。生成一个氨基酸的三个碱基被称作一个密码子。不同的密码子可能生成同一种氨基酸：64种密码子可以生成21种氨基酸。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/66774040
https://zh.wikipedia.org/wiki/核糖核酸
https://zh.wikipedia.org/zh/遗传密码
在Protein BLAST里的Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)处输入QHD43418.1，即武汉病毒E蛋白的Query ID，点击BLAST，稍作等待即可看到结果。
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
BLAST里面的"Per. Ident"全称为"Percent Identity"，指的是氨基酸序列重合率，而非碱基序列重合率，可在"Alignments"选项卡里找到详细资料；"E Value"全称为"Expect Value"或"Expected Value"，即在完全巧合的情况下相似条目的数量。E Value并非概率值，而是可能的、库里存在的条目数。
https://ase.tufts.edu/chemistry/walt/sepa/Activities/BLASTpractice.pdf
https://www.unmc.edu/bsbc/docs/NCBI_blast.pdf
https://www.researchgate.net/post/What_is_E-value_exactly_means_and_what_is_it_1e-63_representing
https://www.researchgate.net/post/What_does_E_value_in_BLAST_actually_indicates
其与SARS病毒的E Value为2e-43，即2*10^(-43)，但其并非完全巧合，所以意义不大。75个密码子，各对应3个碱基，共有75*3个碱基。因其他蛋白多次变异，虽然E蛋白不在高变区，E蛋白也应多次变异，根据遗传密码，基因变异后保持氨基酸不变的概率不高，大部分出现在密码子第三个碱基。在此情况下能达到氨基酸100%相似，用人为更能解释通。
武汉病毒全部蛋白的信息：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
多种SARS病毒全部蛋白的信息：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Bat+SARS-like+coronavirus+complete+genome
translation为氨基酸序列，ORIGIN为碱基序列
最后，本人对上帖层出不穷的对人不对事攻击的行为，以及支持此种行为的行为感到十分遗憾。
再最后，非常感谢 老年人翻墙 、 Detention 两位葱友提供的专业知识；感谢某位葱友指正本人"SARS为综合征；应称为'SARS病毒'"的错误。
16 个评论
我敬佩您的严谨精神！
结果是对的，但从这个结论不能证明任何问题啊......
E蛋白指”Envelop Protein“，顾名思义就是保护病毒本体的一层包装，使得免疫系统不能正确识别实现传播：
https://en.wikipedia.org/wiki/Viral_envelope
假设自然传播当中”一定会“产生变异是对的，如果这个E蛋白在传播过程当中又没有变异的话，一种最大的可能性就是这个病毒本来就能传播到人，并对人造成危害，而对中间宿主（舟山蝙蝠或者是其它的什么东西）没有影响。这也就是为什么在传播过程中，这个包装没有必要变异的原因。
当然如果时间足够长，外包装是可能产生变异的。假设我们已经研究出了疫苗产生抗体，那么病毒有可能在演化过程中改变自己的外观来躲过免疫系统。
换句话说，这个结论只能证明，假设自然传播当中”一定会“产生变异是对的，这个病毒”很有可能“是从舟山蝙蝠身上来的，但舟山蝙蝠是中间宿主还是原始感染对象，舟山蝙蝠身上的病毒是不是和人身上的一模一样，目前不清楚。
E蛋白指”Envelop Protein“，顾名思义就是保护病毒本体的一层包装，使得免疫系统不能正确识别实现传播：
https://en.wikipedia.org/wiki/Viral_envelope
假设自然传播当中”一定会“产生变异是对的，如果这个E蛋白在传播过程当中又没有变异的话，一种最大的可能性就是这个病毒本来就能传播到人，并对人造成危害，而对中间宿主（舟山蝙蝠或者是其它的什么东西）没有影响。这也就是为什么在传播过程中，这个包装没有必要变异的原因。
当然如果时间足够长，外包装是可能产生变异的。假设我们已经研究出了疫苗产生抗体，那么病毒有可能在演化过程中改变自己的外观来躲过免疫系统。
换句话说，这个结论只能证明，假设自然传播当中”一定会“产生变异是对的，这个病毒”很有可能“是从舟山蝙蝠身上来的，但舟山蝙蝠是中间宿主还是原始感染对象，舟山蝙蝠身上的病毒是不是和人身上的一模一样，目前不清楚。
结果是对的，但从这个结论不能证明任何问题啊......E蛋白指”Envelop Protein“，顾...
你还是犯了我犯过的错。Envelope是包膜，E蛋白是包膜上的一种蛋白：
你说没有必要变异，但你知道变异是随机的、对于RNA病毒是高频率的，不是它主观决定的吗？
E protein / evelope protein (Wuhan seafood market pneumonia virusMN908947) QHD43418.1
和
E protein / evelope protein (bat-SL-CoVZC45MG772933.1) AVP78033.1
就是基因序列相同 (全部75*3=225个核苷酸 222个一樣 3个不一樣)
https://i.imgur.com/mnUVvN8.png
https://i.imgur.com/waacH5s.png
Percent Identity of Genomic DNA and Amino Acid Sequences ...
https://external-content.duckduckgo.com/ip3/carta.anthropogeny.org.icohttps://carta.anthropogeny.org/moca/topics/percent-identity-genomic-dna-and-amino-acid-sequences
Percent identity refers to a quantitative measurement of the similarity between two sequences (DNA, amino acid or otherwise) ( DNA序列 氨基酸序列 等等 ). Closely related species are expected to have a higher percent identity for a given sequence than would more distantly related species, and thus percent identity to a degree reflects relatedness.
如果蛋白質反翻譯成基因排列有多少种
1=MW
2=NDCQEHKFY
3=I
4=AGPTV
6=RLS
mysfvseetgtlivnsvllflafvvfllvtlailtalrlcayccnivnvslvkpsfyvysrvknlnssrvpdllv
126246224446342646626424426644643644666242222342466424622426642262666442664
1^1 * 2^22 * 3^3 * 4^24 * 6^25 = 9.062e+41 种
https://h.pincong.rocks/explore/category-1
品葱是不是被攻击了1月22日 無名 2020/01/21
https://i.imgur.com/TqxASk6.jpg
我登品葱已经频繁502还有520
是不是中共已经想要控制品葱的影响了？
其他的小伙伴有没有这个问题
無題 無名 2020/01/22
我也上不去了
来膜乎避难 無名 2020/01/22
https://mohu.pincong.rocks/
和
E protein / evelope protein (bat-SL-CoVZC45MG772933.1) AVP78033.1
就是基因序列相同 (全部75*3=225个核苷酸 222个一樣 3个不一樣)
https://i.imgur.com/mnUVvN8.png
https://i.imgur.com/waacH5s.png
Percent Identity of Genomic DNA and Amino Acid Sequences ...
https://external-content.duckduckgo.com/ip3/carta.anthropogeny.org.icohttps://carta.anthropogeny.org/moca/topics/percent-identity-genomic-dna-and-amino-acid-sequences
Percent identity refers to a quantitative measurement of the similarity between two sequences (DNA, amino acid or otherwise) ( DNA序列 氨基酸序列 等等 ). Closely related species are expected to have a higher percent identity for a given sequence than would more distantly related species, and thus percent identity to a degree reflects relatedness.
如果蛋白質反翻譯成基因排列有多少种
1=MW
2=NDCQEHKFY
3=I
4=AGPTV
6=RLS
mysfvseetgtlivnsvllflafvvfllvtlailtalrlcayccnivnvslvkpsfyvysrvknlnssrvpdllv
126246224446342646626424426644643644666242222342466424622426642262666442664
1^1 * 2^22 * 3^3 * 4^24 * 6^25 = 9.062e+41 种
https://h.pincong.rocks/explore/category-1
品葱是不是被攻击了1月22日 無名 2020/01/21
https://i.imgur.com/TqxASk6.jpg
我登品葱已经频繁502还有520
是不是中共已经想要控制品葱的影响了？
其他的小伙伴有没有这个问题
無題 無名 2020/01/22
我也上不去了
来膜乎避难 無名 2020/01/22
https://mohu.pincong.rocks/
你还是犯了我犯过的错。Envelope是包膜，E蛋白是包膜上的一种蛋白：你说没有必要变异，但你知道变...
Your image is wrong.
Here is another one.
Your image is wrong.Here is another one.
有几个图也是把那标成e蛋白。难道这e蛋白的形状在不同病毒上不同么?
http://what-when-how.com/wp-content/uploads/2011/05/tmp2E143.jpg
https://viralzone.expasy.org/resources/Herpesviridae_virion.jpg
不过你的图确实是冠状病毒的。
我對發圖絕望了。。。
這是個鏈接https://scholar.google.com/scholar?hl=zh-CN&as_sdt=0%2C45&as_vis=1&q=coronavirus+envelope+protein+review&btnG=#d=gs_qabs&u=%23p%3DUhWE_Df0M68J
John Hopkins 關於冠狀病毒的review paper，裏面對e 蛋白的結構和作用都有很好的討論。
這是個鏈接https://scholar.google.com/scholar?hl=zh-CN&as_sdt=0%2C45&as_vis=1&q=coronavirus+envelope+protein+review&btnG=#d=gs_qabs&u=%23p%3DUhWE_Df0M68J
John Hopkins 關於冠狀病毒的review paper，裏面對e 蛋白的結構和作用都有很好的討論。
我對發圖絕望了。。。這是個鏈接https://scholar.google.com/scholar?...
search the image of coronavirus schematic via duckduckgo.
https://duckduckgo.com/?q=coronavirus+schematic&t=ffsb&iax=images&ia=images&iai=http%3A%2F%2F2.bp.blogspot.com%2F-yqIPTzgMcBY%2FUGDartqEMwI%2FAAAAAAAAAn4%2FliZY9SJGWiM%2Fs1600%2FcoronavirusImage.jpeg
https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/IPR009775/
Envelope small membrane protein
This entry includes a group of envelope small membrane protein, including GP2b (also known as protein E) from Porcine reproductive and respiratory syndrome virus. It may function as a viroporin in the virion envelope that facilitates uncoating of the virus in order to release the genomic RNA into the cytoplasm for subsequent replication
search the image of coronavirus schematic via duck...
嗯，那篇review大概的意思是說每一種冠狀病毒會因為宿主細胞的不同還有自身基因組的不同而產生變化。
奉劝各位用小号来聊专业的东西，这里是不是暴露了好几位医学生？
頂一頂 (*/ω＼*)
楼主大神，目前有进一步的直接科学数据证据了吗？