关于“剑桥大学溯源新冠病毒:’爆发根源‘毒株更多发现于美澳” 是剑桥大学也被渗透了还是文章就有出入?

最近关于剑桥大学溯源新冠状病毒,更多毒株发现于欧美在国内又流传看了。

我一开始感觉以为这个剑桥教授是华裔要不就是被渗透了。

后来看了下面的分析,似乎是作者断章取义了。有懂病理学的葱油么?全文到底有没有提到病毒来自美国的说法?
https://www.youtube.com/watch?v=Hsrpz-bWJaA&t=120s
辱包小能手 反共从乳包开始
简单说,又被国内自媒体故意歪曲了。有人采访第一作者,他认为病毒很可能起源于东亚。

非专业的解读可以看这一篇:https://www.weibo.com/ttarticle/p/show?id=2309404492540039528613#_0

防删,全文转载如下(图片图表懒得转了):

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剑桥大学的Colin Renfrew教授团队在4月8日分别在他们学校官网和PNAS(美国国家科学院)发表了两篇论文,标题分别是《COVID-19:遗传网络分析提供了大流行起源的“快照”》和《SARS-CoV-2基因组的系统进化网络分析》,分析了这次新冠病毒的起源、进化问题。

剑桥的论文地址:https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins   (图片链接)

PNAS论文地址:https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117  (图片链接)

(可能要翻墙才看得到,建议用Chrome,可直接原文翻译成中文)

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先说下论文的核心:161个样本的遗传网络分析图,这张图解释了冠状病毒的进化路径、感染区域、甚至感染路径。其中,下图每一个点就代表一个人的病毒基因,黄色是来自中国的基因,蓝色是来自美国的基因以此类推,右下角的BAT代表蝙蝠,可以看到蝙蝠传到人类这边后,变异成了A,然后A又变异成了B分簇,B分簇再变异成C分簇等等。

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看看国内自媒体们是怎么解读的,其主要观点都是:

1.病毒的先祖A型病毒来自美澳,而非武汉

2.武汉流行的是A的后代B型病毒

3.因为祖先在美澳,后代在武汉,所以武汉不是起源,美澳才是起源地

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通读两篇论文后,小编发现以上的观点,其实是个误读,让我们一条一条分析下:

1.病毒的先祖A型病毒来自美澳,而非武汉?错。

论文一说"Forster and colleagues found that the closest type of COVID-19 to the one discovered in bats – type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type.  Mutated versions of ‘A’ were seen in Americans reported to have lived in Wuhan, and a large number of A-type viruses were found in patients from the US and Australia."-->"福斯特和他的同事发现,武汉发现了与蝙蝠中最接近的COVID-19类型-“A”型,即“人类原始病毒基因组”,但令人惊讶的是,它不是武汉的主要流行类型。一些美国人身上发现了突变后的A型病毒,据报道这些美国人此前曾到过武汉。在美国和澳大利亚的患者中主要流行的,是A型病毒。"

论文二说"There are two subclusters of A which are distinguished by the synonymous mutation T29095C. In the T-allele subcluster, four Chinese individuals (from the southern coastal Chinese province of Guangdong) carry the ancestral genome, while three Japanese and two American patients differ from it by a number of mutations. These American patients are reported to have had a history of residence in the presumed source of the outbreak in Wuhan. The C-allele subcluster sports relatively long mutational branches and includes five individuals from Wuhan, two of which are represented in the ancestral node, and eight other East Asians from China and adjacent countries. It is noteworthy that nearly half (15/33) of the types in this subcluster, however, are found outside East Asia, mainly in the United States and Australia."-->"A型病毒有两个分簇,以同义突变T29095C区分。在T-等位基因亚群中,有四个中国人(均来自广东省)带有始祖基因(ancestral genome),另外的三名日本人和两美国人则不同,他们出现了变异,据报道这些美国人曾经到过武汉。C-等位基因亚群中,具有相对较长的突变分支,包括来自武汉的五个人(两人带有始祖基因),以及八位其他国家的人。值得注意的是,A型病毒的29095C分簇中将近一半(15/33)来自美国和澳大利亚。"

看完正确的翻译,你还认为A型病毒样本都来自美澳吗?论文有个附表记录了全部161个样本的详细信息(图片链接),我们把所有的A型单独筛选出来(下图),可以看到,A型病毒样本分成2个分簇(11例29095T,和33例29095C),一共44例,其中有9例美国,5例澳洲,3例欧洲,11例东亚,16例中国大陆(其中武汉5例,广东4例)。

关于问题1,论文的结论仅仅是A型病毒是祖先,在中国发现了始祖基因(original human virus genome,ancestral node),在美国发现了变异的版本(Mutated versions,a number of mutations)。

2.武汉流行的是A的后代B型病毒?不全错,武汉两种病毒都有,只是B比A更流行。

论文一提到"Forster and colleagues found that the closest type of COVID-19 to the one discovered in bats – type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type.  "-->"武汉发现了与蝙蝠中最接近的COVID-19类型-“A”型,即“人类原始病毒基因组”,但令人惊讶的是,它不是武汉的主要流行类型。"

这是自媒体们非常强调的一句话,但事实上他们翻译错了,原文的意思是,武汉发现了A型,该型不是武汉主要的流行类型,但这并不代表A型"没在武汉流行",只是武汉的样本中,B型比A型更多而已。(根据全部样本列表,武汉所有样本中,A型有5个,B型有22个)

为什么武汉会出现这个情况?论文并没给出解析,小编个人认为可能由于样本数量太少了,以目前的数据,无法推理这个情况。


3. 因为病毒的祖先在美澳,后代在武汉,所以武汉不是起源,美澳才是起源地?错。

根据刚才1和2的分析,其实论文表达的意思其实很清晰,自媒体断章取义甚至错误的翻译,对作者想表达的意图进行了严重的曲解。作者表达的是:从目前已有的样本来看,A型病毒最接近于起源,A型病毒的始祖基因仅存在于中国的样本(来自武汉/广东样本),美国澳洲存在很多A型的突变版本(但仍属于A型);在中国的样本里面,A型病毒也有(16个),但更多的是A型的变异版B型(54个)。

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两篇论文以及附带的PDF、XLS研究下来,作者并没有明确指出哪里是新冠病毒的起源地,只是对目前已有的161个样本进行了分类统计,推出一些结论,比如:A型病毒最接近蝙蝠身上的起源病毒、A型病毒的始祖版本存在于中国样本、A型病毒的变异版本在美国澳洲样本中比例较高、中国样本中B型病毒比A型比例高、武汉可能出现了“奠基者效应”、东亚人对B型易感而对C型不易感、欧美人对C型易感而对B型不易感等等。

但说实话,这次的统计样本仅仅161个,时间截止到2月28日,小编认为样本还是太少了,目前还不足以证明病毒起源问题,估计作者也考虑到这点,所以对起源问题没下定论。值得注意的是,图6我们看到自1月24日(全国实施封锁措施)起,中国几乎不再上传病毒基因数据;美国自始至终的数据样本都不多(仅18条),从美国该有的积极性角度来看,也不太正常。虽然我们都不想承认,但很明显,新冠病毒起源问题已经无可避免地从一个科学问题,变成了敏感的政治问题,政治也已经在干预科学研究的推进。

所以,我想这个问题,可能永远都不会有答案。
饲养员 半导体行业女博士。
属于胡乱解读文章。这个文章里面叙述的北美a型病例也是来自武汉。
称帝为人民服务 ? 钥匙可以有。那么 接下来请务必拿出逃离肖申克的决心。The Shawshank Redemption
断章取义

https://pbs.twimg.com/media/EVVpC3AUYAAojwN?format=jpg&name=orig
一毛不拔 自由党 + 联邦党 + 先秦复兴党。驱逐黄俄,光复中华,建立以地方自治为基础的中华联邦。
很大可能是是故意曲解的。
方舟子说:
剑桥大学的论文画的新冠病毒进化图不够直观,在墙内被歪曲成病毒是从美国传入武汉的。这张进化图更直观(紫色的是在中国流行的病毒),墙内还怎么歪曲?再说一遍,到现在还相信“病毒是从美国传到武汉”阴谋论的非傻即坏。


https://pbs.twimg.com/media/EVW8XSmUYAE9J3E?format=jpg&name=orig
KP31 WiCS 立场偏温和 理性和温柔才是我们和他们的最大区别。
这文章数次强调过美国的病毒是武汉传过去的,甚至在标题里都提了。
A型病毒美国多,这个属实;A型病毒最接近自然界提取的样本,这个也属实。国内新闻没提到的一点是武汉的病毒发生了奠基者效应,群体发生遗传漂变从而表现出了与美国病毒的较大差异(文章前半部分几乎都在谈这个问题),根据同一组研究人员建立的进化路径,美国流行的未漂变的病毒仍然是武汉传过去的。
只是墙内新闻刻意只截取后半部分,并且用相同的论据冠以强盗逻辑得出了完全不同的结论而已。
一篇外国文章先去头再去尾再名字一改,私货一加再放点黑屁,好了,一篇“完美”的中国新闻出炉了
我的建议是让子弹飞一会儿,让各种言论都飞一会。至少不要相信有一些不懂装懂那些人胡说八道。最后总会有一个大致的结论的
四邑漁農牧工商總會 已永久退蔥,後會無期,莫聯繫,莫回覆,莫邀答
美國的毒株是長公主習明澤投毒


四邑漁農牧工商總會 四邑漁農牧工商總會 四邑漁農牧工商總會 四邑漁農牧工商總會
剑桥网站上那篇文章标题里有个大大的spread from China and Asia to Australia, Europe and North America。 说这篇文章证明了美国起源的不知是瞎还是文盲。
https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
部份内容谷歌翻译

最近报道了一种紧密相关的蝙蝠冠状病毒,与人类病毒的序列相似性为96.2%。 我们将此蝙蝠病毒用作外群,导致网络的根放置在我们标记为“ A”的世系簇中。 总体而言,该网络如预期的那样正在爆发,显示了祖传病毒基因组与新近变异的子代基因组同时存在。

A的两个子群以同义突变T29095C区分。 在T-等位基因亚群中,有四个中国人(来自中国南方沿海省份广东省)带有祖传基因组,而三名日本人和两名美国病人则有许多突变。 据报道,这些美国患者在推测的武汉疫情中曾有居住史。 C-等位基因亚簇具有相对较长的突变分支,包括来自武汉的五个人,其中两个代表祖先,以及来自中国和邻近国家的其他八位东亚人。 值得注意的是,该子集群中将近一半(15/33)类型位于东亚以外地区,主要位于美国和澳大利亚。

就节点类型和从这些节点辐射的突变分支中包含的个体数量而言,两个派生的网络节点引人注目。 我们已将这些系统发育簇标记为B和C。

对于B型,在武汉( n = 22),中国东部其他地区( n = 31)和偶发地在邻近的亚洲国家( n = 21)中,对93个B型基因组中的19个进行了采样。 在东亚以外地区,在美国和加拿大的病毒基因组中发现了10种B型,墨西哥一种,法国四种,德国两种,德国和意大利和澳大利亚各一种。 节点B通过两个突变从A派生:同义突变T8782C和非同义突变C28144T,将亮氨酸变为丝氨酸。 关于突变分支长度,簇B引人注目:虽然祖先的B型被东亚人独占(26/26个基因组),但亚洲以外的每个(19/19)B型基因组都进化出了突变。 这种现象似乎不是由于病毒基因组在中国传播之前长达一个月的时间滞后和伴随的突变率所致( 数据集S1,补充表2 )。 复杂的创建者情况是一种可能性,值得考虑的另一种解释是,祖传的武汉B型病毒在免疫或环境上适合东亚大部分人口,并且可能需要变异以克服东亚以外地区的抵抗。

C型与其母体B型的区别在于非同义突变G26144T,该突变将甘氨酸转变为缬氨酸。 在数据集中,这是主要的欧洲类型( n = 11),在法国,意大利,瑞典和英国以及加利福尼亚和巴西都有代表。 它在中国大陆的样本中不存在,但在新加坡( n = 5)中很明显,在香港,台湾和韩国也有。

系统发育网络的一种实际应用是在未知的感染路径并造成公共健康风险的情况下重建感染路径。 以下有充分记录感染史的病例可以作为例证( SI附录 )。 2020年2月25日,据报道,第一个巴西人是在访问意大利后感染的,该网络算法反映出这是意大利人与他的C群中巴西病毒基因组之间的突变联系( SI附录 ,图S1 )。 在另一起案件中,一名来自安大略省的男子从中国中部的武汉前往中国南部的广东,然后返回加拿大,病倒并于2020年1月27日被确诊为2019年冠状病毒病(COVID-19)。系统进化网络( SI附录 ,图S2 ),他的病毒基因组来自一个重建的祖先节点,并在佛山和深圳(均为广东省)带有衍生的病毒变体,这与他的旅行史相符。 现在,他的病毒基因组与其他感染北美人(一个加拿大人和两个加利福尼亚人)的基因组共存,这些人显然具有共同的病毒谱系。 网络中单个墨西哥病毒基因组的病例是有记录的感染,该感染于2020年2月28日在墨西哥的意大利旅行者中被诊断出。 该网络不仅确认了墨西哥病毒的意大利起源( SI附录 ,图S3 ),而且还暗示该意大利病毒源自2020年1月27日在德国Webasto公司工作的一名员工的第一次有记载的德国感染。慕尼黑继而感染了上海一位中国同事的感染,她的父母从武汉来了慕尼黑。 系统发育网络中的10个突变记录了这种从武汉到墨西哥的病毒之旅,历时一个月。

该病毒网络是流行病早期的快照,之后系统发育被随后的迁移和突变所掩盖。 可能会问到,是否可以通过使用最早的可用采样基因组作为根,在此早期阶段实现病毒进化的生根。 但是,正如SI附录所示,图S4显示,根据蝙蝠冠状病毒外群生根,于2019年12月24日采样的第一个病毒基因组已经远离根类型。

所描述的核心突变已被各种实验室和测序平台所证实,并被认为是可靠的。 网络中的系统地理模式可能会受到独特的迁徙历史,创始人事件和样本数量的影响。 然而,谨慎考虑突变变异体可能调节疾病的临床表现和传播的可能性。 在评估SARS-CoV-2感染的临床和流行病学结局,设计治疗方法以及最终设计疫苗时,可以使用此处提供的系统发育分类来排除或确认此类影响。

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